ดร.ทักษิณ ริเริ่มทำธุรกิจที่เริ่มต้นจากจุดเล็ก ๆ แล้วจึงขยายให้เติบโตขึ้นตามศักยภาพที่ควรจะเป็น  ทำให้ในปี 2540 วิกฤตต้มยำกุ้ง  บริษัทในเครือชินวัตร ได้รับผลกระทบด้านเศรษฐกิจในระดับต่ำ ซึ่งมาจาก 3 องค์ประกอบหลัก ได้แก่ ความสามารถของบุคลากร ประสิทธิภาพของระบบ และความโปร่งใสของการเงิน ทั้งหมดหล่อหลอมมาจากประสบการณ์การทำงานหลายสิบปี ของ ดร.ทักษิณ ผ่านการเปลี่ยนสไตล์การทำงานมาถึง 3 ขั้น

ขั้นแรก การบริหารสไตล์เอเชีย มีรากฐานมาจากธุรกิจครอบครัว ทำงานด้วยความประหยัด ขับเคลื่อนโดยอาศัยแรงกายแรงใจ สมาชิกของคนในครอบครัว ซึ่งบริษัทในเครือชินวัตรของ ดร.ทักษิณ ทำงานในลักษณะนี้ในช่วงแรกของเริ่มการก่อตั้ง

ขั้นที่สอง เข้าสู่ระบบเทคโนโลยีทันสมัยเพื่อพัฒนาไปสู่ระบบการบริหารแบบมืออาชีพ ในช่วงปี 2531-2532  ช่วงที่กำลังเข้าสู่ธุรกิจโทรคมนาคม ซึ่งเป็นธุรกิจที่ลงทุนสูง ต้องพัฒนาให้เท่าทันกับเทคโนโลยีใหม่ๆ อย่างเสมอ  ยุคนี้ ดร.ทักษิณได้เริ่มดึงมืออาชีพจากบริษัทเอกชนขนาดใหญ่และภาครัฐวิสาหกิจเข้ามาบ้าง

ขั้นที่สองนับว่าบริษัทของเขาเปลี่ยนไปจากหน้ามือเป็นหลังมือ เพราะขั้นแรกเน้นประหยัดต้นทุน ขั้นที่สองเพิ่มการลงทุน ใช้จ่ายอย่างรวดเร็วหลายด้าน ดังนั้นหากปล่อยให้ขั้นสองยาวนานเกินไป อาจจะพังทลายเพราะรายจ่ายฟุ่มเฟือยมากเกินไป 

ดร.ทักษิณ จึงได้ปรับตัวเข้าสู่ขั้นที่สาม หรือระบบมืออาชีพเต็มตัวในเวลาไม่นานนัก โดยมีการรวมเอาระบบศูนย์กำไร (Profit Center) เข้าไปด้วย โดยในช่วงปี 2535 หลังจากเกิดโครงการการลงทุนขนาดใหญ่หลายโครงการ ทั้ง เซลลูลาร์900, โฟนลิงก์,ดาวเทียมไทยคม และอีกหลายโครงการ เมือมีมืออาชีพเข้ามาเป็นหัวใจสำคัญของแต่ละโครงการชัดเจนแล้ว  ถึงเวลาที่เขาจะปรับปรุงระบบกับบุคลากรทุกส่วนให้ทำงานในระบบมืออาชีพเต็มรูปแบบ

ช่วงปี 2535 เขายอมว่าเป็นปีที่บริษัทในเครือชินวัตรทำงานหนัก เพราะทั้งปรับกระบวนการทำงาน ยังมีการขยายงานออกไป โดยเฉพาะงานด้านต่างประเทศ

“ผมมั่นใจว่าหากบริษัทใดไม่ใช้ระบบมืออาชีพเต็มตัว  ถึงวันใดที่บริษัทของท่านเป็นยักษ์ไม่ใช่มด แต่ถ้ายักษ์ถูกมดหลายตัวรุมเล่นงาน อาจมีโอกาสที่จะเพลี่ยงพล้ำได้”

การบริหารในแบบ ดร.ทักษิณ ได้สร้างวัฒนธรรมองค์กรที่มีกลิ่นอายและส่วนผสมความเป็นมืออาชีพในแบบของเขาเอง

ส่วนผสมแรกคือ มืออาชีพรอบกายเขาเป็นตัวจริงในสายงานนั้น เขาเข้มงวดเรื่องคุณภาพของคนมากกว่าสายสัมพันธ์  และส่วนผสมที่สองคือ เขาให้ความสำคัญกับการตัดสินใจของบุคลากรหรือผู้บริหารมากที่สุด

“ผู้นำองค์กรควรกระตุ้นให้คนทำงานรู้จักคิด เพราะธุรกิจคือความคิด  ดังนั้นผู้บริหารที่กล้าตัดสินใจจึงเป็นผู้นำที่เหมาะสมจะเป็นแบบอย่างขององค์กรมากที่สุด”

เขามองว่าผู้บริหารที่ไม่กล้าตัดสินใจ สิ่งที่ผิดไม่ได้รับการแก้ไข สิ่งที่ต้องทำ ไม่ได้รับการปฏิบัติ อาจจะทำให้กิจการไม่สามารถดำเนินไปได้  แต่หากศึกษาข้อมูล วิเคราะห์โดยละเอียดรอบคอบแล้วมีการตัดสินใจผิดพลาด เขาก็พร้อมเข้าใจเสมอ

นอกจากนั้น การที่องค์กรมีบุคลากรที่มีวิจารณญาณในการตัดสินใจที่ดี ยังช่วยให้ขั้นตอนการทำงานกระชับ กระทัดรัด เพื่อให้การทำงานมีประสิทธิภาพ ไม่จำเป็นต้องนำงานมารวมศูนย์ หรือทุกปัญหา ทุกการตัดสินใจต้องผ่านประธานบริษัทก่อนเสมอ  เขาเองจะทำหน้าที่เป็นพี่เลี้ยง คอยดูแลกำกับเฉพาะกรณีสำคัญ  

และส่วนผสมสุดท้ายคือ ระบบการวางตำแหน่งของผู้บริหารที่มีความยืดหยุ่นสูง พร้อมที่จะปรับเปลี่ยนเพื่อให้เกิดความเหมาะสมกับงานในเวลาอันรวดเร็ว  โดยบริษัทในเครือชินวัตรในตอนนั้น  ได้มีการปรับเปลี่ยนผู้บริหารทุก 6 เดือน  สลับบทบาทหน้าที่

“ความยืดหยุ่นหรือไม่ยึดติดกับแนวคิดเดิม เป็นหนึ่งในการปลูกฝังระบบคิดของผู้บริหารยุคใหม่ เมื่อเกิดปัญหา หาทางแก้ไม่ได้ ต้องคิดใหม่ คิดให้ต่างจากเดิม จากที่เคยเป็นมา และให้แตกต่างจากคนอื่น”

ความเป็นมืออาชีพในนิยามของเขา ยังต้องมีความนอบน้อมถ่อมตน ซึ่งเป็นวัฒนธรรมการทำงานของ ดร.ทักษิณ ที่ต้องการให้ทีมของเขาคงไว้เสมอ

ในด้านของวินัยทางการเงินต้องโปร่งใส มีระบบตรวจสอบภายในและจ้างบริษัทภายนอกเข้ามาตรวจสอบซ้ำ เพื่อให้แน่ใจว่าสิ่งที่ทำอยู่นั้นมีข้อบกพร่องผิดพลาด จะได้เร่งแก้ไข 

“ทุกสิ่งทุกอย่างต้องเปลี่ยน  ถ้าเราไม่เปลี่ยน เหตุการณ์จะบังคับให้เราเปลี่ยน  เมื่อไหร่ที่เราถูกบังคับให้เปลี่ยน  เมื่อนั้นเราอาจต้องเปลี่ยนแบบขาดยุทธศาสตร์  ขาดทิศทางและสิ้นเปลืองสูง ฉะนั้นเราต้องคิดให้ฉลาด  คิดให้ดีที่สุด ถึงจะเปลี่ยนแล้วได้ผลคุ้มค่า”

วัฒนธรรมการบริหารในแบบ ดร.ทักษิณ ทำให้บริษัทในเครือชินวัตร สามารถบรรลุเป้าหมายในการบริหารแบบมืออาชีพได้ภายในปี 2537 นั่นหมายความว่าเขาใช้เวลา 2 ปีในการสร้างมาตรฐานการบริหารงานให้กับหลากหลายธุรกิจ  สร้างรากฐานจนเติบโตจนถึงปัจจุบัน