วันที่ 29 มกราคม 2546 เกิดเหตุการณ์จลาจลจากข่าวลือและความเข้าใจผิดของชาวกัมพูชาต่อประชาชนไทย เกิดการเผาทำลายสถานทูตและทรัพย์สินของธุรกิจไทยในกรุงพนมเปญ กัมพูชา ดร.ทักษิณ นายกรัฐมนตรีในตอนนั้น ตัดสินใจเฉียบขาดเร่งประสานกับรัฐบาลกัมพูชาเพื่อควบคุมสถานการณ์ให้ได้โดยเร็ว และเร่งให้กองทัพเข้าไปช่วยอพยพชาวไทยเดินทางกลับมาประเทศไทยอย่างปลอดภัยมาตุภูมิอย่างปลอดภัยทันที
“ผมต้องเร่งแก้ปัญหา เพราะคนไทยไปทำงานที่นั่นค่อนข้างมาก หากพวกเขาได้รับอันตรายแม้แต่นิดเดียว ผมคงรู้สึกผิดไปตลอดชีวิต”
เขาได้เรียกประชุมหน่วยงานความมั่นคง ทั้งกระทรวงกลาโหม มหาดไทย กระทรวงการต่างประเทศ และสภาความมั่นคงแห่งชาติ ในช่วงกลางดึกวันที่เกิดเหตุทันที เพื่อประเมินสถานการณ์อย่างรอบคอบรอบด้าน พร้อมเตรียมการรับมือด้วยความรัดกุมที่สุด ขณะเดียวกันก็ขอให้นายกรัฐมนตรีฮุน เซน นายกรัฐมนตรีกัมพูชา รีบจัดการปัญหาโดยเร็ว
แต่ดูเหมือนสถานการณ์ยังไม่คลี่คลาย คนไทยเป็นกังวลกับเหตุการณ์ที่เกิดขึ้น คืนนั้น ดร.ทักษิณ เปิดแถลงข่าวที่ทำเนียบรัฐบาล ประกาศลดความสัมพันธ์ทางการทูตกับกัมพูชา ห้ามคนกัมพูชาเดินทางข้ามแดนเข้าประเทศไทย และสั่งเตรียมความพร้อมในการส่งเครื่องบิน ซี 130 จำนวน 5 ลำ ไปรับคนไทยในกรุงพนมเปญกลับประเทศอย่างปลอดภัย ทุกอย่างดำเนินการเสร็จภายใน 24 ชั่วโมง นี่คือส่วนหนึ่งของภาวะผู้นำในภาวะวิกฤตของเขา
“ขอชมเชยผู้บัญชาการเหล่าทัพ รวมทั้งผู้บัญชาการทหารสูงสุด ที่มีภาวะความพร้อม ความเป็นผู้นำ มีความมุ่งมั่น พร้อมที่จะปฏิบัติหน้าที่ การเตรียมพร้อมของเหล่าทัพถือว่าดีมาก ”
เหตุการณ์ในครั้งนั้น เป็นภาวะวิกฤตที่เกิดขึ้นระหว่างประเทศ เขาเลือกที่จะปกป้องคนไทย เลือกปกป้องประเทศไทย และหากไม่มีการตัดสินใจที่เด็ดขาดพอโดยผู้นำที่ชื่อ ดร.ทักษิณ อาจเป็นประวัติศาสตร์ที่ถูกบันทึกไว้ในรูปแบบใหม่แน่นอน
